Theo đại diện Phòng Khoáng sản thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường Ninh Bình, khối lượng đá vôi nói trên nằm trong phần trữ lượng thuộc phạm vi mỏ đã được cấp phép. Tuy nhiên, do sự phân cấp về thẩm quyền quản lý phức tạp giữa Bộ và địa phương nên việc phát hiện và xử lý bị kéo dài.
Cụ thể, Luật Khoáng sản năm 2010 quy định, thẩm quyền cấp phép thăm dò, khai thác đá vôi làm nguyên liệu sản xuất xi măng thuộc Bộ Nông nghiệp và Môi trường. Địa phương chỉ có trách nhiệm phối hợp kiểm tra, giám sát. Tới ngày 23/09/2025, khi Nghị định 136/2025/NĐ-CP của Chính phủ có hiệu lực, việc phân cấp quản lý khoáng sản nhóm II mới được chuyển giao cho Sở Nông nghiệp và Môi trường. Kể từ thời điểm này, các hồ sơ cấp phép, thăm dò, khai thác mới được bàn giao lại để địa phương trực tiếp quản lý.
Sau khi địa phương phát hiện vụ việc, Công ty Cổ phần Vissai Ninh Bình đã gửi báo cáo tới Cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam, thừa nhận có khai thác một phần khối tài nguyên 2-333, nằm xen kẹp trong vùng mỏ được cấp phép. Cục Địa chất và Khoáng sản sau đó đã đề nghị UBND tỉnh Ninh Bình chỉ đạo xác minh, rà soát thực tế.
UBND tỉnh Ninh Bình đã giao Sở Nông nghiệp và Môi trường chủ trì, phối hợp với các sở, ngành liên quan tiến hành kiểm tra. Kết quả cho thấy, phần tài nguyên 2-333 mà doanh nghiệp khai thác nằm đan xen trong khối trữ lượng 121 và 122, vốn được phép khai thác. Do đặc điểm địa chất phức tạp, khu vực này trước đây chưa được nhận diện rõ, dẫn đến việc doanh nghiệp khai thác vượt ranh giới trữ lượng được cấp phép.
Căn cứ kết quả thanh tra, Sở Nông nghiệp và Môi trường Ninh Bình đã ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty Cổ phần Vissai Ninh Bình số tiền 80 triệu đồng. Cùng với đó, Sở cũng đã trình UBND tỉnh phê duyệt truy thu hơn 6,1 tỷ đồng tiền cấp quyền khai thác khoáng sản, tương ứng với khối lượng 4,4 triệu tấn đá vôi đã được đưa vào sử dụng làm nguyên liệu sản xuất xi măng.
Sở Nông nghiệp và Môi trường cũng đề nghị cơ quan thuế tiến hành kiểm tra, rà soát nghĩa vụ tài chính trong toàn bộ hoạt động khoáng sản của doanh nghiệp này để tránh thất thu ngân sách nhà nước. Đại diện Sở nhấn mạnh, cơ quan chức năng đã yêu cầu công ty khẩn trương hoàn thiện đề án thăm dò bổ sung, nâng cấp tài nguyên 333 thành cấp trữ lượng khai thác, đồng thời điều chỉnh giấy phép khai thác để tính đúng, tính đủ tiền cấp quyền và các nghĩa vụ tài chính liên quan.
Về phía doanh nghiệp, đại diện Công ty Cổ phần Vissai Ninh Bình cho biết, khối lượng đá vôi 4,4 triệu tấn mà công ty đã khai thác "vượt ranh giới" nằm trong vùng tài nguyên 2-333 chưa được điều chỉnh trong giấy phép. Doanh nghiệp cũng khẳng định toàn bộ số nguyên liệu này đã được sử dụng trong sản xuất xi măng, và hàng năm công ty vẫn kê khai, nộp thuế tài nguyên, phí bảo vệ môi trường đầy đủ theo quy định./.