Thống nhất quy trình quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu
Theo quy định mới, người nộp thuế thực hiện khai thuế theo từng lần phát sinh đối với thuế áp dụng cho hàng hóa xuất nhập khẩu, gồm: thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường và thuế giá trị gia tăng.
Thông tư cũng quy định 3 nhóm trường hợp không phải khai thuế theo từng lần phát sinh, gồm: điện năng xuất khẩu, nhập khẩu; một số hàng hóa bán trong khu vực cách ly tại sân bay quốc tế và hàng cung ứng cho chuyến bay quốc tế; các giao dịch giữa doanh nghiệp ưu tiên với đối tác theo quy định của pháp luật hải quan; cùng các trường hợp khác theo quy định hiện hành.
Đối với hồ sơ khai thuế, doanh nghiệp tiếp tục thực hiện theo quy định của Luật Hải quan số 54/2014/QH13 và các văn bản hướng dẫn. Hồ sơ được nộp tại cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai dưới hai hình thức là hồ sơ điện tử hoặc hồ sơ giấy. Trong trường hợp hệ thống chưa hỗ trợ đầy đủ chỉ tiêu khai báo, người nộp thuế được gửi bản chụp chứng từ có ký số để hoàn thiện hồ sơ.
Người nộp thuế có trách nhiệm kê khai chính xác, trung thực, đầy đủ các thông tin trong hồ sơ khai thuế; đồng thời chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, hợp pháp của toàn bộ hồ sơ, chứng từ, dữ liệu và thông tin đã cung cấp cho cơ quan hải quan. Ngoài ra, phải bảo đảm sự thống nhất giữa hồ sơ lưu tại doanh nghiệp và hồ sơ gửi cơ quan hải quan, tạo điều kiện cho công tác kiểm tra, đối chiếu và quản lý thuế được thực hiện minh bạch, hiệu quả.
Đẩy mạnh số hóa thủ tục, giảm hồ sơ cho doanh nghiệp
Một điểm đáng chú ý của Thông tư 86/2026/TT-BTC là tăng cường khai thác dữ liệu điện tử trong quản lý thuế, qua đó giảm giấy tờ và chi phí tuân thủ cho doanh nghiệp.
Theo đó, cơ quan hải quan sẽ tiếp nhận, xử lý và đối chiếu thông tin thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, Cổng thông tin một cửa quốc gia, Cổng dịch vụ công, Cổng thông tin một cửa ASEAN cùng các hệ thống trao đổi dữ liệu và cơ sở dữ liệu quốc gia, chuyên ngành có kết nối.
Đối với các chứng từ liên quan đến miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, không chịu thuế, xử lý tiền thuế nộp thừa, gia hạn nộp thuế, miễn tiền chậm nộp, khoanh nợ hoặc xóa nợ thuế đã có trên các hệ thống dữ liệu kết nối, người nộp thuế không phải nộp lại. Thay vào đó, chỉ cần cung cấp thông tin để cơ quan hải quan khai thác dữ liệu phục vụ giải quyết thủ tục.
Bên cạnh đó, Thông tư cũng quy định việc khai và nộp thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu thông qua nền tảng thương mại điện tử và các nền tảng số khác được thực hiện theo Nghị định số 08/2015/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 167/2025/NĐ-CP, cùng các quy định tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC, Thông tư số 39/2018/TT-BTC và Thông tư số 121/2025/TT-BTC.
Việc ban hành Thông tư 86/2026/TT-BTC được kỳ vọng sẽ góp phần nâng cao hiệu quả quản lý thuế đối với hoạt động xuất nhập khẩu, tăng cường ứng dụng chuyển đổi số trong lĩnh vực hải quan, đồng thời tạo thuận lợi hơn cho cộng đồng doanh nghiệp trong thực hiện thủ tục thuế và hải quan.