Thông tư số 94/2026/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 1/7/2026, đồng thời thay thế Thông tư số 31/2021/TT-BTC quy định về áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế. Theo Cục Thuế, nếu như Thông tư số 31/2021/TT-BTC chỉ tập trung vào nội dung “áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế”, thì Thông tư số 94/2026/TT-BTC mở rộng cách tiếp cận sang “quản lý tuân thủ, quản lý rủi ro trong quản lý thuế”, phù hợp với Luật Quản lý thuế năm 2025 và thông lệ quốc tế về quản lý tuân thủ.
Cách tiếp cận: từ quản lý rủi ro sang quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro
Thông tư số 31/2021/TT-BTC xây dựng khung quản lý rủi ro xoay quanh ba nội dung chính: thu thập, xử lý thông tin; đánh giá tuân thủ và phân loại mức độ rủi ro; áp dụng biện pháp quản lý thuế phù hợp với từng mức rủi ro. Các quy định về tuân thủ trong Thông tư số 31/2021/TT-BTC chủ yếu phục vụ cho việc phân loại rủi ro và lựa chọn đối tượng kiểm tra, thanh tra, hoàn thuế, quản lý đăng ký thuế, quản lý nợ thuế, quản lý hóa đơn.
Thông tư số 94/2026/TT-BTC kế thừa cách tiếp cận quản lý rủi ro nhưng bổ sung, nâng cấp thành mô hình quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro thống nhất, với các điểm nổi bật sau: Xây dựng cơ chế quản lý tuân thủ riêng, có tiêu chí đánh giá, phân loại mức độ tuân thủ và các biện pháp nâng cao tuân thủ cho từng nhóm người nộp thuế ; Coi kết quả phân loại tuân thủ là yếu tố đầu vào không thể thiếu cho việc phân loại mức độ rủi ro trong từng nghiệp vụ quản lý thuế, giúp cơ quan thuế vừa khuyến khích nâng cao tuân thủ, vừa phòng ngừa và xử lý rủi ro ; Quy định rõ việc gắn kết quản lý tuân thủ với lập kế hoạch kiểm tra, giám sát trọng điểm, quản lý nợ, hoàn thuế, miễn giảm, hóa đơn điện tử, góp phần nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý thuế và giảm chi phí tuân thủ cho người nộp thuế.
Phân loại tuân thủ và cơ chế nâng cao tuân thủ
Thông tư số 31/2021/TT-BTC phân loại mức độ tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế theo 4 mức: tuân thủ cao, tuân thủ trung bình, tuân thủ thấp và không tuân thủ, đồng thời quy định việc áp dụng các biện pháp quản lý tương ứng, đặc biệt đối với trường hợp không tuân thủ.
Thông tư số 94/2026/TT-BTC vẫn giữ cơ cấu 4 mức độ tuân thủ nhưng điều chỉnh thuật ngữ và nhấn mạnh vai trò nâng cao tuân thủ: Mức 1: tuân thủ tốt; Mức 2: tuân thủ trung bình; Mức 3: tuân thủ thấp; Mức 4: không tuân thủ.
Thông tư số 94/2026/TT-BTC coi việc phân loại tuân thủ không chỉ là cơ sở để phân loại rủi ro mà còn là căn cứ để: Xem xét, lựa chọn, khen thưởng và ưu tiên trong quản lý thuế đối với người nộp thuế tuân thủ tốt, theo quy định tại Nghị định số 252/2026/NĐ-CP; Xây dựng kế hoạch nâng cao tuân thủ đối với mọi mức độ tuân thủ thông qua các biện pháp: phối hợp với các cơ quan, tổ chức liên quan; đẩy mạnh tuyên truyền, hỗ trợ, hội nghị đối thoại, tập huấn; nghiên cứu đề xuất sửa đổi chính sách, đơn giản hóa thủ tục; tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin để giảm chi phí tuân thủ.
Thông tư số 94/2026/TT-BTC bổ sung cơ chế hỗ trợ người nộp thuế trên cơ sở kết quả đánh giá tuân thủ và phân loại rủi ro. Theo đó, cơ quan thuế tăng cường thực hiện cảnh báo sớm, khuyến nghị tuân thủ, hỗ trợ người nộp thuế rà soát, tự khắc phục sai sót, nâng cao mức độ tuân thủ tự nguyện; đồng thời tập trung nguồn lực kiểm tra, giám sát đối với các trường hợp có dấu hiệu rủi ro hoặc dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế.
Tổ chức giám sát, đánh giá việc thực hiện kế hoạch nâng cao tuân thủ định kỳ, so sánh kết quả thực tế với mục tiêu đặt ra và cập nhật Sổ đăng ký rủi ro, loại bỏ những rủi ro không còn phù hợp. Có thể thấy, Thông tư số 94/2026/TT-BTC coi nâng cao tuân thủ là một nhiệm vụ xuyên suốt, gắn với quản lý rủi ro, chứ không chỉ dừng ở việc “phát hiện và xử lý vi phạm”.
Phân loại rủi ro và áp dụng quản lý rủi ro theo từng nghiệp vụ
Thông tư số 94/2026/TT-BTC tiếp tục kế thừa các quy định của Thông tư số 31/2021/TT-BTC về đánh giá, phân loại mức độ tuân thủ, mức độ rủi ro và áp dụng quản lý rủi ro, đồng thời bổ sung, hoàn thiện theo hướng: Thống nhất phân loại mức độ rủi ro người nộp thuế trong từng nghiệp vụ quản lý thuế theo 3 mức: rủi ro cao, rủi ro trung bình, rủi ro thấp; Kết hợp kết quả phân loại tuân thủ pháp luật thuế (Điều 10 Thông tư 94/2026/TT-BTC) với các tiêu chí rủi ro trong từng nghiệp vụ, được quy định chi tiết tại các phụ lục kèm theo Thông tư.
Thông tư số 94/2026/TT-BTC quy định mới việc áp dụng quản lý rủi ro trong một số nghiệp vụ: Quản lý về đăng ký thuế: bổ sung cụ thể việc phân loại rủi ro và áp dụng đối với các trường hợp chấm dứt hiệu lực mã số thuế, trong đó, trường hợp rủi ro cao thực hiện kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế theo quy định tại Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, rủi ro trung bình và rủi ro thấp áp dụng các biện pháp đôn đốc người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ thuế trước khi giải thể, phá sản, ngừng hoạt động theo quy định.
Hoàn thuế, khoản thu khác: Thông tư số 94/2026/TT-BTC quy định riêng hoàn thuế giá trị gia tăng và hoàn các khoản thu khác; bổ sung việc đánh giá phân loại mức độ rủi ro đối với người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế trên cơ sở kế thừa kết quả phân loại và kết quả kiểm tra hoàn thuế của kỳ trước liền kề; cơ chế tạm dừng số tiền hoàn có dấu hiệu rủi ro; bổ sung các trường hợp thay đổi hình thức phân loại hồ sơ hoàn thuế.
Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế: tiếp tục áp dụng nguyên tắc lựa chọn tối đa 90% trường hợp kiểm tra theo kết quả phân tích rủi ro và tối đa 10% lựa chọn ngẫu nhiên, nhưng ràng buộc chặt chẽ hơn việc tránh chồng chéo với các hoạt động kiểm tra khác theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.
Miễn, giảm thuế: Thông tư số 94/2026/TT-BTC bổ sung quy định riêng về quản lý rủi ro trong xử lý hồ sơ miễn, giảm, trong đó hồ sơ rủi ro cao phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trước khi ban hành quyết định; hồ sơ rủi ro trung bình, thấp được giải quyết theo trình tự, đồng thời theo dõi, kiểm tra khi có dấu hiệu phát sinh rủi ro.
Hóa đơn, chứng từ: trong bối cảnh áp dụng hóa đơn điện tử theo Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, Thông tư số 94/2026/TT-BTC quy định việc phân loại rủi ro trong sử dụng hóa đơn điện tử; trường hợp rủi ro cao có thể không được chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, ngừng sử dụng hóa đơn hoặc thực hiện các biện pháp quản lý hóa đơn khác theo quy định; trường hợp rủi ro trung bình, thấp được lựa chọn mẫu để rà soát, tăng cường hỗ trợ người nộp thuế tuân thủ.
Những quy định này giúp hoạt động quản lý rủi ro trở nên cụ thể, đáp ứng yêu cầu thực tiễn của từng nghiệp vụ, đồng thời tận dụng được kết quả phân tích trên Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế. Thông tư số 94/2026/TT-BTC cũng nhấn mạnh yêu cầu báo cáo, kiểm tra, giám sát việc áp dụng quản lý tuân thủ và rủi ro được thực hiện thường xuyên, định kỳ 6 tháng, hằng năm, và theo yêu cầu nghiệp vụ, nhằm đánh giá chất lượng, hiệu lực và hiệu quả của các biện pháp đã triển khai.