Bộ Tài chính đang lấy ý kiến dự thảo Nghị quyết của Chính phủ về chính sách đặc thù nhằm tháo gỡ khó khăn cho người nộp thuế. Một trong những nội dung đáng chú ý là đề xuất giảm mạnh tiền phạt chậm nộp hồ sơ khai thuế đối với doanh nghiệp, tổ chức đã ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế, hoặc không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký.
Theo dự thảo, người nộp thuế thuộc trạng thái 03 (ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế) và trạng thái 06 (không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký) được áp dụng mức phạt ưu đãi nếu nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế còn thiếu. Mức phạt được tính theo thời điểm hoàn thành hồ sơ, với lộ trình giảm dần ưu đãi theo thời gian.
Cụ thể, nếu hoàn thành hồ sơ từ ngày Nghị quyết có hiệu lực đến hết ngày 30/6/2027, doanh nghiệp chỉ phải nộp 30% mức phạt theo quy định hiện hành, tương đương giảm 70%. Với hồ sơ được hoàn thành từ ngày 1/7/2027 đến hết ngày 31/12/2027, mức phạt bằng 50% mức thông thường. Trong giai đoạn từ ngày 1/1/2028 đến hết ngày 30/6/2028, mức phạt bằng 70%.
Đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp kê khai, dự thảo đề xuất áp dụng mức phạt bằng 50% mức theo quy định khi người nộp thuế hoàn thành hồ sơ còn thiếu. Riêng hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khoán được đề xuất không xử phạt hành vi vi phạm thủ tục thuế thuộc phạm vi chính sách.
Các ưu đãi này không áp dụng với hành vi có dấu hiệu trốn thuế hoặc trường hợp người nộp thuế đang bị thanh tra, điều tra, truy tố, xét xử về hành vi trốn thuế, gian lận thuế hay sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp. Những trường hợp đã có quyết định xử phạt vi phạm hành chính cũng không thuộc diện áp dụng chính sách giảm phạt theo đề xuất.
Theo Bộ Tài chính, tiền phạt chậm nộp hồ sơ khai thuế là một trong những vướng mắc lớn khiến nhiều doanh nghiệp đã ngừng hoạt động vẫn chưa thể hoàn tất thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế. Nhiều trường hợp không phát sinh doanh thu trong thời gian dài nhưng vẫn phải bổ sung lượng lớn tờ khai còn thiếu, sau đó đối mặt với khoản phạt tích lũy qua nhiều năm.
Bộ Tài chính nhận định, yêu cầu lập lại nhiều tờ khai không phát sinh qua nhiều năm rồi xử phạt chậm nộp làm tăng chi phí, kéo dài thời gian xử lý và khiến người nộp thuế khó hoàn tất thủ tục rút khỏi thị trường. Vì vậy, bên cạnh giảm tiền phạt, dự thảo còn đề xuất miễn nộp hồ sơ khai thuế đối với những kỳ không phát sinh nghĩa vụ thuế trong thời gian người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký theo thông báo của cơ quan thuế.
Chính sách cũng được đề xuất áp dụng với người nộp thuế chưa chấm dứt hiệu lực mã số thuế nhưng đã bị cơ quan có thẩm quyền thu hồi giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, hợp tác xã, hộ kinh doanh hoặc giấy phép thành lập và hoạt động. Tuy nhiên, hồ sơ quyết toán thuế đến thời điểm bị thu hồi vẫn phải hoàn thành.
Người nộp thuế phải cam kết và chịu trách nhiệm trước pháp luật về thời gian không hoạt động, các kỳ tính thuế không phát sinh nghĩa vụ thuế. Nếu sau đó phát hiện có nghĩa vụ thuế thực tế bị bỏ sót, cơ quan thuế có thể khôi phục mã số thuế, truy thu thuế, tính tiền chậm nộp và xử lý vi phạm theo quy định.
Theo số liệu trong tờ trình của Bộ Tài chính, cả nước có 2.518.440 người nộp thuế thuộc trạng thái ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.
Trong số này, 643.383 trường hợp thuộc trạng thái 03 và 1.875.057 trường hợp thuộc trạng thái 06. Đặc biệt, có 529.041 người nộp thuế đã ngừng hoạt động hoặc không hoạt động tại địa chỉ đăng ký từ năm 2015 trở về trước, chiếm khoảng 21% tổng số trường hợp tồn đọng.
Trong 10 tháng đầu năm 2026, cơ quan thuế đã giải quyết chấm dứt hiệu lực mã số thuế cho 777.835 trường hợp. Tuy nhiên, theo Bộ Tài chính, tiến độ xử lý vẫn còn hạn chế do hồ sơ khai thuế thiếu tích tụ qua nhiều năm, doanh nghiệp không còn sổ sách, chứng từ, không liên hệ được người đại diện hoặc không còn khả năng thực hiện nghĩa vụ tài chính.
Để xử lý nhóm tồn đọng kéo dài, Bộ Tài chính còn đề xuất xem xét chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với người nộp thuế đã ngừng hoạt động hoặc không hoạt động tại địa chỉ đăng ký từ đủ 10 năm trở lên, không còn nợ thuế và không thuộc diện thanh tra, điều tra, truy tố, xét xử.
Trước khi thực hiện, cơ quan thuế sẽ công khai thông tin người nộp thuế dự kiến được xử lý trên trang thông tin điện tử trong 30 ngày. Nếu không có ý kiến phản đối hoặc đề nghị khôi phục mã số thuế theo quy định, cơ quan thuế sẽ thực hiện chấm dứt hiệu lực mã số thuế và chuyển thông tin cho cơ quan đăng ký kinh doanh xử lý.
Theo Bộ Tài chính, các chính sách đặc thù được đề xuất nhằm giảm chi phí tuân thủ, tạo điều kiện để doanh nghiệp, hộ kinh doanh xử lý nghĩa vụ tồn đọng và hoàn tất thủ tục thuế. Qua đó, cơ quan quản lý kỳ vọng đẩy nhanh tiến độ làm sạch dữ liệu người nộp thuế, nâng cao tính chính xác của hệ thống và giảm tình trạng doanh nghiệp đã ngừng hoạt động nhưng vẫn tồn tại trên dữ liệu quản lý thuế.